У большинства больных начальные симптомы заболевания проявляются анемией. Возникновение инфекций и геморрагий зависит от степени гранулоцитопении и тромбоцитопении. При прогрессирующем течении заболевания лихорадка и симптомы, связанные с панцитопенией, вызывают усиление анорексии. При медленном течении заболевания преобладают жалобы на прогрессирующую слабость и утомляемость до появления симптомов тромбоцитопении, когда возникают кровотечения из носа, слизистых рта, желудочно-кишечного тракта, меноррагии.
При идиопатической форме апластической анемии проявления заболевания обычно манифестируют фебрильными эпизодами, обусловленными различными инфекциями. При вторичных формах симптомы могут развиваться в течение нескольких недель и даже месяцев после воздействия провоцирующего агента.
При обследовании обращает на себя внимание выраженная бледность кожных покровов. Изъязвления на слизистой рта, носоглотки появляются, как правило, позже.
Физикальное обследование не обнаруживает специфических симптомов, за исключением признаков анемии, кровотечений и инфекций.